Можно ли оформить два разных авиабилета в Молдову из РФ с пересадкой?

А почему нет?! Конечно можно! Многие авиакомпании позволяют оформлять раздельные билеты, особенно если у вас длительная пересадка. Главное — убедитесь, что у вас достаточно времени между рейсами, чтобы пройти все формальности. В вашем случае 16 часов — более чем достаточно. Только учтите, что багаж, скорее всего, придется забирать и сдавать заново.

С пересадками в Москве / Екатеринбурге можно долететь до Еревана и оттуда на Кишинев. Это может быть удобнее, так как есть прямые рейсы. Однако, если вы выбрали вариант через Ереван, убедитесь, что у вас есть все необходимые документы для въезда в Армению, даже если это только транзит. Некоторые авиакомпании требуют подтверждение обратного билета или брони отеля.

Я летала по такому маршруту в прошлом году. Раздельные билеты — не проблема, но есть нюансы: 1) В Ереване придется пройти паспортный контроль, даже если вы не покидаете аэропорт. 2) Лучше брать билеты с запасом времени, так как задержки рейсов — не редкость. 3) Уточните у авиакомпании, есть ли у них соглашение о сквозной регистрации багажа (маловероятно при раздельных билетах).