Если у вас не российская карта Visa, то в аэропорту есть банкоматы. В Ханэде сразу после прохождения таможни и выхода в общую зону – слева 2 банкомата 7bank. Я снимал там 20 тысяч йен в первый раз. Комиссия 220 йен. В городе у этого же банка такие же банкоматы.
Снять наличные с карты, насколько я понимаю, сейчас нельзя. Можно обменять. В аэропорту курс выгодный, поэтому берите что-нибудь вроде долларов и меняйте там.
Возьмите с собой доллары/евро и поменяйте в аэропорту. В Ханэде несколько обменников с нормальным курсом, особенно в зоне прилёта. Лучше менять небольшие суммы, а потом в городе найти выгодный курс.
Наталья 
Ответы 5