Если ехать из Литвы в Россию через Беларусь (транзитом), это будет считаться за посещение РФ или РБ чаще, чем 2 раза за 3 месяца?

Тут как карта ляжет. Если читать закон буквально, выезд из Литвы через Мядининкай — это посещение Беларуси, а дальше, уже без границы, вы въезжаете в Россию. Формально получается два посещения за одну поездку. Но на практике литовская пограничная служба видит только пересечение границы Литвы. Между РФ и РБ нет пограничного контроля, и понять, доехали вы до Минска или до Москвы, они не могут. Поэтому, судя по тому, что сейчас пишут в юридических чатах, считают именно выезды из Литвы: один выезд в сторону РБ/РФ — это раз, обратный въезд — второй раз. Одна поездка туда-обратно = два раза, лимит на 3 месяца. Проверить можно только на себе. Мой брат ездил в Смоленск через Минск, и в прошлом году у него было три таких рейса за полгода. После третьего пришло письмо с запросом объяснить цель поездок. Ответил, что родственники, обошлось. Но знакомые, которые делали чаще, столкнулись с отказом в продлении ВНЖ. Если ехать нужно, вот рабочий способ снизить риск: попробуйте сделать одну поездку на машине, но не через Минск, а через Кибартай в Калининградскую область, если это подходит под нужный маршрут. Тогда выезд из Литвы будет в сторону РФ, без Беларуси. Для Москвы так не получится, но в Калининград — пожалуйста. И напоследок: запрос в MIGRIS через форму на сайте даёт ответ через 3-4 недели, но в нём скорее всего будет общая формулировка. Мне так и ответили: «каждый случай рассматривается индивидуально».