Что делать после уведомления о прибытии в Казахстан: 30 дней легального пребывания и получение следующих 60?

Граждане РФ могут находиться 90 дней суммарно в период 180 дней в Казахстане без РВП. Если дольше хотите, тогда оформляется РВП по работе или воссоединению. Тогда и нужна дактилоскопия. Вас видимо неправильно поняли в ЦОНЕ. Потому что вы начали говорить о регистрации. И подумали, что вам нужно РВП по воссоединению с женой.

Вам надо было сразу сделать уведомление на 90 дней, а не на 30.

Гражданство у жены какое?