Я летал в Японию из Москвы, хотя живу в Питере, и никаких вопросов с визой не возникло. Главное — чтобы виза была оформлена правильно и действовала на момент поездки. Таможенники смотрят на сроки действия визы и соответствие цели поездки, а не на место вылета. Но если у вас есть сомнения, лучше уточнить в консульстве.
Нет, проблем быть не должно. Япония не привязывает визу к месту вылета. Важно, чтобы у вас были все необходимые документы: загранпаспорт, виза, обратный билет и подтверждение проживания. Если всё в порядке, таможня пропустит без вопросов. Кстати, в 2023 году 95% туристов из России, летевших через Москву, не столкнулись с проблемами на границе.
Я тоже живу в Питере, но летал в Японию через Москву. Никаких сложностей не было. Советую только проверить, чтобы в визе не было ошибок в данных. Однажды у моего друга была опечатка в фамилии, и пришлось срочно переоформлять. А так — всё просто!
Le 
Ответы 6