Может ли 16-летний подросток с российским гражданством путешествовать один из Эстонии в Россию?

Только в сопровождении взрослого по доверенности или с родителем / опекуном и согласием второго родителя. Это стандартное требование для несовершеннолетних при пересечении границы. Без сопровождения возможны проблемы на таможне.

Согласно законодательству, несовершеннолетний может путешествовать один при наличии нотариально заверенного согласия обоих родителей. В вашем случае нужно подготовить: 1) загранпаспорт, 2) нотариальное согласие с указанием сроков поездки и стран, 3) копии паспортов родителей. Рекомендую уточнить требования в консульстве.

На практике многое зависит от пограничников. Даже при наличии всех документов могут возникнуть вопросы. Советую: 1) сделать перевод согласия на английский/эстонский, 2) иметь при себе контакты родителей, 3) подготовить объяснение цели поездки. Лучше перестраховаться!