Это перелёт внутри Шенгена. Граждан РФ не пускают в Польшу только через внешние границы, то есть из нешенгенских стран. Так что формально препятствий нет, но лучше уточнить у авиакомпании перед вылетом.
Я летал в марте этого года из Барселоны в Варшаву с российским паспортом. Никаких проблем не было, но при регистрации попросили показать обратный билет. Советую заранее проверить требования авиакомпании и иметь при себе все документы.
Elisey 
Ответы 5