Какие могут быть проблемы при просрочке визы в Египте на 5-6 месяцев?

Решение о проблемах принимает госбезопасность (секрет полиц в народе) они обычно свои внутренние мотивации публично не озвучивают. Но когда Вы придете в следующий раз подавать на долгосрочную резидентскую визу логично предположить что ваше дело будут рассматривать со всех сторон и нарушение визового законодательства вряд ли является положительным мотивирующим фактором.

По своему опыту могу сказать, что в Египте многое зависит от настроения офицера на границе. Были случаи, когда людей с просрочкой в несколько месяцев пускали без проблем после оплаты штрафа, а иногда создавали сложности даже при незначительном превышении срока. Советую заранее подготовить объяснительную и быть готовым к дополнительным вопросам.