Какую дату указывать в правом верхнем углу программы пребывания: дату прилета в Японию или дату подачи визы?

Дату отнесения заявления в консульство. Это важный момент, так как именно с этой даты начинается отсчёт времени рассмотрения ваших документов. Например, если вы подали заявление 15 октября, то эту дату и нужно указать. Это подтверждается и практикой, и требованиями консульств.

Когда уже точно документы подадите в консульство, если не уверены — лучше рукой заполнить перед подачей. Так будет надёжнее, ведь если ошибётесь, могут возникнуть задержки. Я всегда так делаю: заполняю всё заранее, но дату оставляю пустой, а вписываю уже непосредственно перед визитом в консульство.

По опыту: лучше уточнить в консульстве, так как требования могут немного отличаться в зависимости от страны. Например, для шенгенской визы правила одни, а для японской — другие. Но в большинстве случаев указывается дата подачи документов. Если сомневаетесь, позвоните или напишите в консульство — они обычно быстро отвечают на такие вопросы.